Pierwsze wzmianki o klasztorze franciszkańskim pochodzą z 1285 roku. Biskup Herman von Cammin udzielił odpustu dla nawiedzających franciszkańskie kościoły klasztorne. Zalicza się tu również kościół klasztorny w Namysłowie. W tym samym roku doniesiono, że 8 z 12 Konwentów Braci Mniejszych przeszło z polskiej do saksońskiej prowincji zakonnej, w tym także Namysłów. Budowę świątyni rozpoczęto prawdopodobnie w końcu XIII lub na początku XIV wieku.

W 1321 roku klasztor wspominany był już jako Konwent Najświętszej Maryi Panny. W pierwszym etapie wybudowano mały kościół (obecne prezbiterium), a nawa główna powstała później, w XV stuleciu.

W 1420 roku wybudowany już był klasztor przy istniejącym kościele.

Klasztor po przejęciu przez protestantów (od 1536 roku) był użytkowany jako szpital i magazyn. Świątynia stopniowo niszczała.

Po wizytacji w 1666 roku stwierdzono, że kościół zwany „polskim” ma uszkodzone sklepienia i ogólnie jest w złym stanie.

Dopiero w 1675 roku, po długich latach starań franciszkanów, kościół Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny i obiekty klasztorne powróciły dzięki decyzji cesarza Leopolda I do poprzednich właścicieli, a dokładnie do Braci Reformatów prowincji Czeskiej. Klasztor otrzymał jako patrona św. Piotra z Alkantary.

Od 1678 roku klasztor zamieszkiwany jest przez 12 braci i jak określił to w swojej kronice o. Bernard Sannig: żyją prosto, utrzymują się codziennym, niepewnym żebraniem.

W 1716 roku kościół franciszkanów został po remoncie na nowo konsekrowany, a znajdowało się w nim 8 ołtarzy barokowych.

W 1810 roku nastąpiła kasata zakonu franciszkańskiego. Państwo w ten sposób przejęło budynki i dobra należące do franciszkanów. W momencie kasacji gwardianem był o. Christian wraz z 10 prezbiterami oraz 13 braćmi.

Ostatnie nabożeństwo odprawiono prawdopodobnie 2 maja 1812 roku. Część uposażenia sprzedano, pozostałości przekazano kościołowi parafialnemu. Do dziś w kościele pw. Św. Apostołów Piotra i Pawła w Namysłowie znajdują się ołtarze: Św. Piotra z Alkantary, Św. Antoniego, Św. Franciszka i Krzyża Świętego oraz stacje Drogi Krzyżowej przejęte z kościoła franciszkańskiego. Do Bogacicy k. Kluczborka trafił ołtarz Czternastu Wspomożycieli. Marmurowa posadzka kościoła w roku 1812 została zerwana i w roku 1814 przekazana kościołowi ewangelickiemu.

Zarząd miasta w 1825 roku wykupił budynek kościoła, a po remoncie przeznaczono go na magazyn drewna.

W roku 1980 zrodziła się myśl odzyskania tej prastarej świątyni.

W wyniku podjętych działań, na prośbę Parafii Św. Apostołów Piotra i Pawła w Namysłowie z dnia 18 sierpnia 1982 roku, Ministerstwo Kultury i Sztuki przekazało jej 30 września tegoż roku na wieczyste użytkowanie zabytkowy kościół pofranciszkański. Od tego momentu rozpoczęły się prace remontowe.

11 listopada 1988 roku, w 70. Rocznicę Odzyskania Niepodległości, przystosowany do sprawowania liturgii kościół uroczyście poświęcił Jego Eminencja Ks. Kard. Henryk Gulbinowicz, Arcybiskup Metropolita Wrocławski.

Dnia 27 czerwca 1992 roku Ks. Kardynał erygował przy tym kościele diecezjalną Parafię pw. św. Franciszka z Asyżu i św. Piotra z Alkantary. Wezwanie tych Świętych nawiązuje właśnie do franciszkańskiej przeszłości świątyni.

Dnia 29 grudnia 1992 roku nowo powstała parafia otrzymała na własność zabudowania klasztorne przylegające do kościoła, które to budynki zostały przystosowane na kancelarię parafialną, plebanię oraz wikariat dla księży.